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生物大分子动力学模拟入门 -- 1 （Desmond）分子动力学模拟（MD，Molecular Dynamics）是一种重要的计算方法，它通过将蛋白质和小分子的每个原子视为具有牛顿力学的质点，并赋予其随机初速度，然后按照牛顿力学的相互作用来模拟这些原子的自由运动。这种方法能够最大程度地模拟蛋白质和小分子在细胞中的真实...
分子动力学模拟的硬件要求主要包括以下几点：强大的计算能力和充足的内存：分子动力学模拟涉及大量数据处理和复杂计算任务，因此计算机需要具备足够的计算资源。充足的内存可以确保模拟过程不会因为内存不足而中断。高性能的图形处理单元：GPU能够加速并行计算，显著提升模拟速度。GPU擅长同时处理多个计算任务，适合...
构建非均质膜的步骤如下：1.点击Membrane Only System 2.点击Next Step: Select Lipids，进入选择脂质分子页面。3.注意到“Homogeneous Lipid”选项已不再支持，转而使用“Heterogeneous Lipid”构建均质脂质双分子层。通过以上步骤，用户可简便地通过CHARMM-GUI构建分子动力学模拟所需的各种复杂系统模型。
在分子动力学模拟中，GROMACS是一个功能强大的工具。完成模拟后，结果分析是至关重要的一步。以蛋白-配体复合物为例，我们将介绍几种常用的结果分析方法。首先，周期性校正是模拟结果分析中不可或缺的一步。通常，模拟结束后，分子可能跨越周期性边界，需要校正以确保模拟的准确性。执行以下命令即可校正...
分子动力学模拟 以先前的分子对接结果作为模拟初始结构，选择Gromacs2019.6作为动力学模拟工具，使用amber14sb作为蛋白力场。在模拟体系中添加TIP3P水模型，建立水盒子确保蛋白边缘至少1.2nm的距离，添加钠离子平衡系统。静电作用通过Particle-mesh Ewald (PME)处理，采用最陡下降法进行50000步的能量最小化。...
VMD软件是一款功能强大的分子动力学可视化工具，本文将指导如何使用VMD软件进行静电势的导出与可视化。首先，进行准备工作：将ESPiso、ESPext、ESPpt的.bat和.txt文件拷至Multiwfn目录下，并编辑相应的.bat文件。将.fchk文件放入Multiwfn路径，重命名后运行ESPpt.bat、ESPiso.bat和ESPext.bat文件，生成...
本文详述了如何从零开始进行蛋白小分子动力学模拟，无需专业知识，适合初学者。流程基于开源工具，主要包括AmberTools和OpenMM，借助百度AI Studio的云端GPU资源，可实现高效模拟，如无本地Linux系统，也无需购买硬件。以下步骤概述了整个过程：从PDB数据库下载目标蛋白，可能需要修复下载问题。在百度AI Studio...
MD模拟包含几个主要步骤。首先，对初始结构进行预处理以消除缺陷，然后定义参数并设置模拟过程。最终，结果需要通过其他软件进行分析。初级分子动力学模拟者往往面临软件使用命令和操作系统命令不熟悉的挑战。为解决这一问题，Discovery Studio提供了基于窗口的MD模拟工具，允许用户轻松完成从准备体系到结果分析的...
GROMACS蛋白配体分子动力学模拟预处理过程简要笔记：蛋白质文件准备：从PDB下载编号为2BEG的pdb文件，该蛋白质结构由NMR方法测定。使用pymol检查蛋白质结构完整性，确保N端及C端正确，必要时使用SwissPdbViewer添加缺少的OXT原子。删除不必要的字段后，保存为最终的protein.pdb文件。配体文件准备：从ZINC网站...
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