PHP命令行执行和Linux定时器执行在实现相同目标时，有一些重要的区别。

1. 功能和特点：PHP命令行执行通常用于执行一些全局命令，如安装软件、配置环境变量等。而Linux定时器执行通常用于在特定时间执行一些任务，如定时任务、定时执行文件等。

2. 灵活性：PHP命令行执行非常灵活，可以执行任何PHP代码，而Linux定时器执行则相对较为严格，只能执行指定的命令。

3. 限制：PHP命令行执行有严格的限制，如不能执行不受控制的命令，也不能执行超过一定时间的命令。而Linux定时器执行则不受这些限制，可以执行任何任务。

4. 环境需求：PHP命令行执行需要PHP环境支持，而Linux定时器执行则不需要PHP环境支持。

5. 性能：PHP命令行执行的性能通常优于Linux定时器执行，因为它不需要处理任务的调度和执行，而是在PHP代码执行完毕后执行。

6. 简洁性：PHP命令行执行的代码相对简洁，容易理解和使用。而Linux定时器执行的代码需要一定的学习成本，因为它需要理解定时器的工作原理和如何设置定时任务。

因此，选择使用PHP命令行执行还是Linux定时器执行，主要取决于你的具体需求和喜好。如果你需要在PHP代码执行完毕后执行，那么PHP命令行执行可能是更好的选择。如果你需要在特定时间执行一些任务，那么Linux定时器执行可能是更好的选择。