在使用Eclipse AmaterasUML插件生成时序图时，可能会遇到一些问题。以下是一些可能的解决方案：

1. 插件版本问题：请确保您正在使用的Eclipse AmaterasUML插件版本与您的Java项目兼容。您可以尝试升级插件版本，或者查看插件的官方网站以获取最新的信息。

2. 配置问题：请确保您的Eclipse项目配置正确。如果您在项目中使用了其他插件，您需要确保这些插件也已正确配置并集成到了Eclipse中。

3. 时序图工具选择：Eclipse AmaterasUML插件提供了多种时序图工具，如Weka、Gephi等。您需要选择最适合您的时序图工具，或者查看插件的文档以获取更多的信息。

4. 数据源问题：如果您正在使用数据库或其他数据源来生成时序图，那么您需要确保您的数据源连接正确，并且您的数据源能够被插件访问。

5. 代码问题：如果上述问题都已解决，那么可能是代码的问题。请检查您的代码，确保它正确地生成了时序图，并且没有引入任何错误。

如果问题仍然存在，您可能需要寻求专业的帮助，或者联系插件的开发者或社区寻求帮助。