在Jenkins中部署Git分支差异包的最佳实践通常涉及以下步骤：

1. 配置源码管理： 在Jenkins项目配置中，设置Git插件以拉取需要比较和部署的两个分支（例如：develop和production）。

2. 构建触发器： 设置适当的构建触发器，如git push、定时构建或特定分支变更时触发构建。

3. 获取差异文件： 使用脚本（如Shell或Python）获取两个分支之间的差异，找出新增、修改或删除的文件。可以使用git diff --name-only <branch1>..<branch2>命令来获取这些信息。

4. 打包差异： 根据上一步得到的差异文件列表，创建一个包含这些差异文件的tarball或zip包。这可能需要编写自定义脚本来完成。

5. 部署差异包： 针对不同的应用类型有不同的最佳实践，但通常包括将这个差异包上传到生产环境，并解压覆盖现有文件。你可以在Jenkins中使用各种部署工具插件（如Ansible、Chef、Puppet或者直接SSH执行命令）进行此操作。

6. 回滚策略： 确保有一个可靠的回滚策略，以便在部署失败时能迅速恢复到之前的版本。

7. 日志记录与通知： 记录整个部署过程中的操作日志，并在部署成功或失败后通过邮件或其他方式通知相关人员。

8. 流水线化： 将以上所有步骤整合进Jenkins Pipeline中，这样不仅代码可读性更强，也方便版本控制和复用。

请注意，上述流程适用于一些场景，但在具体实践中，可能还需要根据项目的实际情况和需求进行调整优化。对于某些应用程序和服务，可能有更好的方式来进行增量部署，比如利用容器化技术（Docker）进行镜像更新，或者使用微服务架构下的滚动更新等。