是的，如果您在开发分支删除了一个文件夹，但在合并分支时该文件夹尚未被同步到其他分支，那么合并可能会出现问题。

在合并分支时，Git将尝试在合并后创建一个新的文件夹，如果该文件夹在其他分支中已经有内容，那么这个新的文件夹可能会覆盖其他分支的文件夹。如果您删除了文件夹，但是没有在合并分支中同步到其他分支，那么在合并时，Git将无法找到文件夹并创建新的文件夹，从而导致合并失败。

为了避免这种情况，您可以使用以下方法之一来解决：

1. 在合并分支之前，将删除的文件夹从开发分支移到其他分支。这样，在合并分支时，Git就可以找到并合并该文件夹，而不会覆盖其他分支的文件夹。

2. 在合并分支时，使用--no-commit选项来禁止合并过程。这样，Git就可以避免在合并分支时创建新的文件夹，从而避免合并失败。

请注意，无论使用哪种方法，都需要确保您在合并分支之前将删除的文件夹从开发分支移到其他分支，或者在合并分支时禁止创建新的文件夹。