在Eclipse CDT中运行exe时，默认情况下，它会在内置的Console视图中显示输出。如果你想在新的Windows命令提示符（cmd）窗口中运行程序，你需要修改launch配置。

以下是步骤：

1. 打开Eclipse并转到你的C/C++项目。

2. 在菜单栏中，选择 "Run" -> "Run Configurations..." （或者直接双击左侧的 "Debug" 视图中的已有配置，然后点击 "New Launch Configuration" 创建新配置）。

3. 在 "Run Configurations" 窗口中，找到你的应用程序对应的配置（或创建一个新的），然后展开 "C/C++ Application" 部分并选中你的程序。

4. 切换到 "Common" 选项卡，在 "Standard Input and Output" 区域，你会看到 "Allocate console" 选项已经勾选。这使得程序输出能在Eclipse内置Console中显示。

5. 要在外部终端运行，取消选中 "Allocate console"，然后在 "Display in" 下拉框中选择 "External terminal"。

6. 点击 "Apply" 然后 "Close"。现在当你运行这个配置时，Eclipse将会在新的Windows cmd窗口中启动你的程序。

注意：根据Eclipse和操作系统的版本，"External terminal" 选项可能不可用或者效果不一致。在某些环境下，Eclipse可能无法自动打开外部终端，你可能需要手动在命令行中运行生成的exe文件。