在layer.open 弹窗关闭按钮不见了可能有以下几个原因：

1. 弹窗未完全关闭：在layer.open 弹窗时，可以通过layer.open()函数的参数close参数来关闭弹窗。但是，这个参数默认为false，也就是说，如果close参数为false，那么弹窗将一直显示。如果需要在弹窗完全关闭后关闭，需要在close参数中设置为true。

2. 弹窗组件未正确关闭：如果弹窗组件（如按钮）没有正确关闭，那么在layer.open()函数结束后，这个组件可能仍然处于可见状态，导致按钮消失。可以检查弹窗组件的状态，确保它已正确关闭。

3. 屏幕分辨率改变：如果您的屏幕分辨率发生变化，可能会影响layer.open()函数的效果。例如，如果屏幕分辨率降低，那么弹窗可能会变得过大，导致按钮消失。可以尝试调整屏幕分辨率，看看是否可以解决问题。

4. 系统设置问题：如果您的系统设置中有关于弹窗的设置，例如是否禁用了弹窗，那么可能会影响layer.open()函数的效果。可以检查系统设置，确保弹窗的设置正确。

以上是可能的原因，具体的原因需要根据您的实际情况进行排查。如果以上方法都不能解决问题，可能需要寻求专业人士的帮助。