HSF轻量注册服务独立搭建的主要目的是为了提高代码的可维护性和可复用性。多人协同开发主键重复的情况可能会影响到这个服务的正常运行，需要进行相应的处理。

以下是一些可能的处理方法：

1. 检查数据库中是否存在重复的主键。如果存在，需要修改数据库中的主键，使其只存在一次。这可能涉及到修改数据库结构、更新数据、重启数据库等操作。

2. 如果主键不存在，但是HFS轻量注册服务正在使用，可能是因为HFS轻量注册服务在创建新的记录时，没有正确地处理主键重复的情况。这可能需要修改HFS轻量注册服务的代码，使其能够正确地处理主键重复的情况。

3. 如果主键重复是由于开发人员的错误操作导致的，那么需要对开发人员进行培训，以提高他们的编程技能和代码质量。

4. 可以考虑使用分布式数据库或者分片技术来解决主键重复的问题。分布式数据库可以保证在多台机器上同时访问数据库，分片技术则可以将一个大的数据库划分为多个小的数据库，每个小的数据库都只存储一部分数据，这样就可以避免主键重复的问题。

以上是一些可能的处理方法，具体的方法需要根据实际情况来确定。