我要用Java写一个能记录文件个数、字符总个数、注释个数、注释总字符数和关键字数的程序。我想先把文件转换成字符串存入arraylist list中，再通过类AnalysisNoteNumber把文件中的注释和输出语句去掉，然后返回list（可是我输出传入AnalysisNoteNumber的list，竟然是不完整的文件）。然后再把这个新list传给类AnalysisKeyNumber，来计算关键字个数。可是传给AnalysisKeyNumber的list竟然是完整的文件（就是又有注释又有输出语句），请问要怎么解决

public AnalysisFileNumber(File directory) throws Exception{
        this.directory = directory;
        //this.detail = new StringBuffer();
        list=new ArrayList<String>();
        this.parse(directory, 1);
    }

private void parse(File dir, int n) throws Exception{
        File[] files = dir.listFiles();
        for (File file : files) {
            if (file.isDirectory()) {
                parse(file, n + 1); // 递归
            }else {
                if (file.getName().toLowerCase().endsWith(".java")) {
                    this.numberOfJavaSourceFiles++;//文件数
                try {    
                    //将文件收录到字符串中，并记录该文件字符数
                    InputStreamReader isr =  new InputStreamReader(new FileInputStream(file));
                     BufferedReader br = new BufferedReader(isr);
                     list.clear();//在收录文件前先清空list
                         String s = br.readLine();
                         while(s!=null) {
                           countChar = countChar+s.length()+1;//字符个数就是字符长度

                           list.add(s);//list存的是单个文件
                            s = br.readLine();
                         }
                         br.close();
                         
                    
                    AnalysisNoteNumber ann =new AnalysisNoteNumber(list);
                    
                    this.noteNumber+=ann.getCountNote();//获取注释数
                    this.charInNoteNumber+=ann.getCharInNote();//获取注释中的字符数
                    this.list.clear();
                    this.list.addAll(ann.getList());//此时的list是文件中除注释和输出语句外的部分
                    
                    //查找list中的关键字
                    AnalysisKeyNumber akn=new AnalysisKeyNumber(list);
                } catch (InterruptedException e) {  
                    e.printStackTrace();  
                }  
                }
            }    
        }
    }