在 Flask 项目部署中，使用 Nginx+Gunicorn 部署应用和最普通的 app.run() 有以下几点区别：

1. 配置文件: 你可以使用 Nginx 的配置文件来控制应用的监听和处理请求。例如，你可以使用 server 配置来监听特定的端口，使用 location 配置来匹配不同的请求 URL。

2. 路由: 你可以使用 Nginx 的路由功能来控制应用的 URL 路径。例如，你可以使用 location 配置来定义应用的主页 URL。

3. 反向代理: 你可以使用 Nginx 的反向代理功能来将请求转发到不同的服务器。例如，你可以使用 location 配置来定义应用的反向代理 URL。

4. 负载均衡: 你可以使用 Nginx 的负载均衡功能来提高应用的可用性和性能。例如，你可以使用 location 配置来定义应用的负载均衡 URL。

5. SSL/TLS: 你可以使用 Nginx 的 SSL/TLS 功能来保护应用的通信安全。例如，你可以使用 location 配置来定义应用的 SSL/TLS 配置。

6. 调试: 你可以使用 Nginx 的调试功能来帮助你定位和解决问题。例如，你可以使用 errorlog 配置来记录 Nginx 的错误日志。

总的来说，Nginx+Gunicorn 提供了更多的功能和选项，可以让你更有效地管理和部署 Flask 应用。