这个程序的功能有计算一个文件夹内.java文件的个数和字符个数。现在假设文件夹里面就只有一个文件。我把文件里面的内容一行一行地读出来存到ArrayList里面，可是当我在parse()里面执行完collectDoc(file)，再输出list后发现，就只输出了文件的后半部分，文件的前半部分不知道去哪里了

package counter;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;
import java.io.File;
import java.util.ArrayList;
import java.util.HashMap;
import java.util.Iterator;
import java.util.Map;
import java.util.Set;
import java.util.TreeSet;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;
public class AnalysisFileNumber {
    private int numberOfJavaSourceFiles;
    private File directory;
    private int countChar;//所有文件的字符数
    private ArrayList<String> list;
    private Map<String,Integer> map;
    private String dirName;
    

    private  int countNote;
    private int charInNote;

    public AnalysisFileNumber(File directory,String dirname) throws Exception{
        this.directory = directory;
        this.dirName=dirname;
        list=new ArrayList<String>();
        map=new HashMap<String, Integer>();
        this.parse(directory, 1);
        //writeDoc();//将结果写入文件
    }
    
    private void parse(File dir, int n) throws Exception{
        File[] files = dir.listFiles();
        for (File file : files) {
            if (file.isDirectory()) {
                parse(file, n + 1); // 递归
            }else {
                if (file.getName().toLowerCase().endsWith(".java")) {
                    this.numberOfJavaSourceFiles++;
                     
                    //将文件存入list中，并计算字符数
                    collectDoc(file);                    
                }
            }    
        }
    }

public void collectDoc(File file) throws Exception{
        FileReader reader = new FileReader(file);
         BufferedReader br = new BufferedReader(reader);
         list.clear();//在收录文件前先清空list
             String s = br.readLine();
             while(s!=null) {
               countChar = countChar+s.length()+1;//字符个数就是字符长度
               list.add(s);//list存的是单个文件
              // System.out.println(s);
                s = br.readLine();
             }
             for(int i=0;i<list.size();i++) {
             System.out.println(list.get(i));
         }
             br.close();
    }