在JavaScript中，.prototype和__proto__都指向原型对象。但是，它们的使用场景和目的有所不同。

.prototype是一个特殊的属性，它指向的是类的原型对象。当你创建一个新的类时，JavaScript会自动为该类添加一个名为.prototype的属性。这个属性是一个对象，包含了类的所有原型对象的所有属性和方法。

例如，假设我们有以下的代码：

```javascript class Person { constructor(name) { this.name = name; } }

let person = new Person('John'); ```

在这个例子中，Person类有一个名为name的属性，它是由Person类的constructor方法创建的。因此，this.name会指向Person类的实例，也就是person对象。

相比之下，__proto__属性只有在函数被创建时才被设置。当一个函数被调用时，__proto__属性并没有被设置，因此它仍然指向函数自身的原型对象。

例如，假设我们有以下的代码：

```javascript function Person(name) { this.name = name; }

let person = new Person('John'); ```

在这个例子中，我们没有使用__proto__属性，因此this.name仍然指向Person类的实例。

总的来说，.prototype是类的原型对象，而__proto__是函数的原型对象。它们都是指向原型对象的属性，但是使用场景和目的有所不同。