网站上传修改后的文件，如果不立即生效，可能有以下几个原因：

1. 文件位置问题：有时候，文件可能会被放在网站的非默认位置（如临时文件夹或缓存中），而这个位置可能不被网站正常访问。这可能会导致文件无法被更新。

2. 文件编码问题：如果文件的编码与网站使用的不同，上传后可能无法正确显示。这可能需要网站管理员进行调整。

3. 文件大小问题：如果文件过大，网站服务器可能无法处理。在这种情况下，上传文件后需要等待一段时间，以便网站服务器有足够的空间来处理。

4. 网站服务问题：如果网站服务器出现故障，上传文件后可能无法立即生效。在这种情况下，可能需要等待网站服务恢复正常。

5. 网站后台设置问题：有时候，网站后台的设置可能会影响文件上传和生效。例如，网站可能设置了文件上传的频率限制，或者设置了文件上传的权限。

如果您遇到以上问题，可以尝试以下解决方案：

1. 检查文件的位置和编码，确保文件被正确上传。

2. 如果文件过大，可以考虑分块上传，或者在上传前对文件进行压缩。

3. 如果服务器有问题，可以尝试重启服务器或者联系网站管理员。

4. 如果网站后台设置有问题，可以查看后台设置并进行调整。

5. 如果以上方法都无法解决问题，可能需要寻求专业的技术支持。