有一个文本文件，内容包括序列id和其序列内容,以>开头的行表示id，其后面的几行表示序列内容，请教该如何过滤掉长度小于l的序列。部分文件如下：

>NNH52_c0_seq1
ATGAGCATTGCCTTACCTCCTCTAAATCATACATAATATTGCAGGCTCTCCCTTTTTACC
ACCTCGCCAATTACCTTTACAAAGAGGATTAAGAATTTAATCCTGAGCAACCACCTAGTT
TTATTAATGCACATTGACATAGCAGTATCTTTTTGCTCATAGAACAAGTTCAGATATTAT
TTGGCCTTTGATAA
>NNH262_c0_seq1
AATTCTCACGCCTCCAGTGAACCTTATAGTATTAATGACAGAGTTACCACCTCCGACAAA
GGAACGACGTTTCAAACCCTGCGTCTCTCTACCTTGTCAGGCGAGTAGGCGGAACGACTC
TTGGACATCCCACCTGTGATCACCG
>NNH774_c0_seq1
GGTAGCCCCGCCGTGGATGCGCCGCCATCTCTTCGTCTGTGTCTCCTTCCCTTCTCTCTC
TCTCTCTCCCCACTTGAAACTGGGTTGGCCCAGAAATCTTCCGTTCCGCTGAAAAGCTCC
TCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCT
AGGCAG
>NNH4124_c0_seq1
ATGATATCCTTCGCCTACAACCATCAGTACCAGCAGATCGCCGCTGCAGGAGGGTACCCA
CTG

现在文件很大所以打算读一条序列处理一条序列，如果全部读入字典的话太占内存了，我自己写了个，但是感觉有点啰嗦，请教该如何处理，谢谢！
附上自己代码吧。。

def rmShort(in_file, out_file, length):
    cunt = defaultdict(str)
    with open(in_file) as f_in, open(out_file, 'w') as f_out:
        for line in f_in:
            if line.startswith('>'):
                try:  # 在读取后一条序列的时候处理前一条序列，所以刚刚读取第一行的时候会报错
                    seq = cunt.pop(id_)
                    if len(seq) > length:
                        f_out.write(id_)
                        f_out.write(seq)
                except:
                    pass
                finally:
                    id_ = line
            else:
                cunt[id_] += line
        for seq_id, seq in cunt.items():  # 对于最后一行，无法读取其后一行时处理它，故拿出来专门处理
            if len(seq) > length:
                f_out.write(seq_id)
                f_out.write(seq)