原型.js和jQuery是两种非常流行的JavaScript库，它们在功能上有一些相似之处，但也有一些重要的区别。

相同之处：

1. 两者都实现了JavaScript中的原型继承功能，使得可以在JavaScript中创建新的对象。

2. 两者都提供了丰富的API，可以用来操作DOM、处理AJAX请求等。

3. 两者都支持单例模式。

4. 两者都可以用来处理异步操作。

不同之处：

1. 原型.js使用原型链来实现继承，而jQuery则使用$.孤儿()函数来实现继承。

2. 原型.js提供了更多的API，如$.fn.extend()、$.grep()等，而jQuery则提供了更多的API，如$.proxy()、$.grep()等。

3. 原型.js主要用于处理对象和类，而jQuery主要用于处理DOM和AJAX请求。

4. 原型.js主要用于处理单例模式，而jQuery主要用于处理异步操作。

5. 原型.js使用严格模式来避免原型链的问题，而jQuery则使用代理模式来避免原型链的问题。

总的来说，原型.js和jQuery都是优秀的JavaScript库，它们各有优点，可以根据项目需求来选择使用。