在Android Studio中，当你尝试点击"Apply Changes"按钮来热更新应用时，如果出现"Changes were not applied"的错误，这可能由以下几个原因引起：

1. 模块未运行或调试状态：确保你的应用正在Android模拟器或真机上运行并且处于调试模式。

2. Instant Run功能问题：Android Studio的Instant Run功能并不总是稳定，有时可能会导致此问题。你可以尝试关闭并重新开启Instant Run，或者完全禁用它（File -> Settings -> Build, Execution, Deployment -> Instant Run）。

3. 更改类型不支持热更新：并非所有的代码更改都能通过Instant Run进行热更新。例如，如果你更改了方法签名、修改了资源文件名称等，这些更改可能需要完全重启应用。

4. Gradle版本或构建类型问题：部分Gradle插件版本与Android Studio版本可能存在兼容性问题，或者你当前选择的构建变体不支持Instant Run。

5. 设备API级别过低：Instant Run需要API级别15及以上。

6. 编译错误或依赖问题：请检查是否存在未解决的编译错误或项目依赖问题，这些问题可能阻止更改被应用。

解决此类问题通常首先建议完全停止应用，然后清理并重新构建项目（Build -> Rebuild Project），再重新启动应用并尝试进行更改。如仍无法解决，请考虑上述其他可能性并逐一排查。