在Vue CLI中创建的Vue3项目中，如果遇到自定义主题报错，可能的原因有以下几点：

1. 配置文件错误：在项目的public文件夹下，找到@/theme/index.css或@/theme/index-vue.js等文件，确认是否已经正确配置了Element Plus的主题样式。如果未正确配置，会导致自定义主题报错。

2. 使用的插件或库错误：在项目的node_modules目录下，找到对应的插件或库，确认是否已经正确安装并导入。如果未正确安装或导入，会导致自定义主题报错。

3. 主题代码错误：在项目的src/components目录下，找到对应的组件或页面，确认是否已经正确编写了自定义主题的代码。如果未正确编写，会导致自定义主题报错。

解决这个问题的方法是，首先确认项目中是否已经正确配置了Element Plus的主题样式，如果没有，需要修改@/theme/index.css或@/theme/index-vue.js文件中的相关样式。其次，确认是否已经正确安装并导入了需要的插件或库，如果没有，需要重新安装或导入。最后，确认是否已经正确编写了自定义主题的代码，如果没有，需要修改组件或页面中的相关代码。