这种情况可能有多种原因，以下是一些可能的原因和解决方案：

1. 文件被其他用户或应用程序更改：如果同一时间有人在本地进行文件更改，可能会导致你的文件被覆盖。在这种情况下，你可能需要手动删除文件或使用git diff命令来查看并恢复被覆盖的文件。

2. git有缓存问题：如果git缓存文件导致文件丢失，你需要清空git缓存并重新克隆仓库。

3. 文件被删除：有时候，你的文件可能被误删。在git中，你可以使用git log命令查看删除的文件。

4. git版本问题：有时，你的git版本可能会导致文件丢失。你可以尝试切换到更高版本的git，或者手动创建一个新的git仓库。

5. 网络问题：如果你的网络连接不稳定，git可能会无法正常工作，导致文件丢失。你可以尝试重启网络，或者更换一个网络环境。

6. 文件权限问题：如果文件被其他人拥有，你可能需要更改文件的权限才能继续使用。

如果你尝试了以上所有方法仍然无法解决问题，可能需要寻求专业的帮助，或者重新安装git。